Среди основных проблем, с которыми сталкивается поддержка ЭС КВТИ, можно выделить следующие: критическая нехватка персонала (в 2025 году было 4–5 специалистов, сейчас — 1–2), задержки в предоставлении необходимых данных (логи, документация, базы данных), цикл «релиз → новые инциденты», когда внедрение решений провоцирует новые сбои, сбой тестовой среды (потеря доступа после обновления от 002.