Несмотря на многочисленные преимущества, использование нейлоновых флок-зондов и ПЦР имеет некоторые ограничения и проблемы. Например, требуется высококвалифицированный персонал и современное лабораторное оборудование, что не всегда доступно в небольших или плохо финансируемых криминалистических лабораториях. Кроме того, существует риск контаминации образцов, который может привести к ложным результатам.